آیت‌الله عبدخدایی پرورش‌یافته مکتب اصیل حوزه‌های علمیه مشهد و قم بود؛ جایی که در محضر استادان بزرگی چون آیت‌الله‌العظمی میلانی، میرزا هاشم آملی و سیدمحمد محقق داماد به قله اجتهاد دست یافت.